马德里自治大学始建于1968年。
马德里自治大学的Cantoblanco校区位于首都马德里的郊区。1971年10月25日，Cantoblanco校区正式投入使用，也就是该校目前的主要校区。Cantoblanco校区毗邻 Alcobendas以及 San Sebastian de Los Reyes，在马德里B1区。
马德里自治大学与西班牙高级科学研究理事会（CSIC）的拥有一些合办的研究中心，更加凸显了学校浓厚的科研氛围。根据 QS World University Rankings QS世界大学排名 2014/15，马德里自治大学名列第187位，位于巴塞罗那大学（167）之后， 是西班牙第二， 马德里地区第一。
根据一项2013由西班牙世界报 的研究，在50多个最普遍的专业中，马德里自治大学的生物学，护理学，医学，物理学和法学专业位于顶尖位置。
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