根据源于宣传教士布朗的神学教育的《东京一致神学校》,作为赫伯恩私塾后身的《一致英日学校》和《英日预备学校》这三个学校的教育机关的合同,于1886年设立了《明治学院》。在1886年举办的首届理事委员会制定了创立明治学院的方案。东京一致神校改称为明治学院日本语神学部、一致英日学校改称为明治学院普通部本科、把英日预备学校改称为明治学院普通部预备科。校址定在现在明治学院大学所在地白金。校舍和寄宿宿舍落成于第二年 (1887年) 。
白金校区
明治学院大学白金校园位于东京的市中心。来白金校园可以乘坐电车或公共汽车。
乘坐横须贺线或成田特快(NEX),往品川站方向。
乘坐往新高轮王子饭店方向的交通车。从饭店坐出租车到明治学院大学只须5分钟。
横滨校区
从东京站或品川站到明治学院大学横滨校园一个小时内可以到达。
学校内有多处历史建筑物,明治学院礼拜堂、明治学院纪念馆等